加盟店は本部に対して、フランチャイズ契約を締結した際（加盟時）には加盟金を、契約期間中にはロイヤリティを支払うのが通常です。
これは、加盟店が本部から情報を得るフランチャイズ・パッケージ（商標権、商品・サービスやノウハウの供与、経営指導など）に対する対価といえます。
このうち、加盟金は、店舗開設や開業援助・教育など、加盟時に本部から提供されるものへの対価に相当します。
ロイヤリティは、商標・マークの使用権、ノウハウ供給、経営管理・指導、販促援助、宣伝広告など、開業後に本部から継続的に提供されるものに関わる費用という性格を持ちます。
加盟金の代わりに保証金としたり、ロイヤリティの代わりに看板料、業務委託金、加盟賦課金などの名目にしている本部もありますが、実質的には同じと考えて差し支えありません。
一部の本部は、加盟金もロイヤリティも徴収しないところもあります。
しかし、その場合も、本部から加盟店に供給される商品・資材などの代金の中に、ロイヤリティ相当分の対価が含まれています。
加盟金もロイヤリティもその金額や算定方式は、フランチャイズの業種、業態、経営方針によって千差万別です。
加盟店にとって加盟金とロイヤリティは最大の関心事ですが、同時に、本部と加盟店の間で、加盟金やロイヤリティをめぐるトラブルも発生しやすいのが実情です。
加盟希望者は、日本フランチャイズチェーン協会の情報などで十分に加盟金やロイヤリティなどを調査・検討した上で、決断することが非常に大切といえます。